پيش از بيان علل سكوت حضرت علي شايان ذكر است كه ايشان پس از آن كه شنيدند عده اي هنوز مراسم تدفين پيامبر اكرم تمام نشده ، بر سر خلافت پيامبر به جنگ و ستيز برخاسته اند و فردي را پس از كش و قوس هاي فراوان به عنوان خليفه پيامبر اكرم برگزيدند، نه تنها در ابتدا سكوت نكردند; بلكه عملاً براي ستاندن حق خود اقدام كردند از جمله :
1. تحصن در خانه حضرت زهرا دخت پيامبر اكرم (ص) با عده اي از مهاجران كه مخالف خلافت بودند.
2. ايراد خطبه در مسجد و ميان مردم و يادآوري وظيفه و تعهد مسلمانان .
3. حركت در شب ها به همراه حضرت زهرا و حسنين : و ملاقات با سران انصار براي بازگرداندن خلافت به مسير واقعي خود.
حضرت پس از اين كه از اين راه كار نتيجه نگرفتند دو راه را پيش رو داشتند: يا بايد به كمك خاندان پيامبر و عده اي از صحابه قيام كند و حق خود را با زور بستاند و يا اين كه سكوت كند و از همة امور اجتماعي كنار برود و در حدّ امكان به وظايف فردي و اخلاقي بپردازد.
قيام با ياران اندكي كه براي حضرت باقي مانده بود، كاري از پيش نمي برد و قيام در اين شرايط جز كشته شدن صحابه ، نزديكان و تفرقه نتيجه اي نداشت و حضرت در يكي از سخنراني هاي خود مي فرمايند: "پس از درگذشت پيامبر در كار خويش انديشيدم . در برابر صف آرايي قريش جز اهل بيت خود يار و ياوري نديدم پس به مرگ آنان راضي نشدم "(نهج البلاغه ، عبده ، خطبه 26.) لذا حضرت راه دوم را برگزيد.
زيرا هدف از جانشيني حضرت علي ، پرورش نهالي بود كه به وسيله پيامبر گرامي در سرزمين حجاز غرس شده بود نهالي كه بايد به مرور زمان به درختي برومند و بارور مبدّل شود. وقتي رهبر يك حركت عظيم تاريخي كه بنيان هاي جامعه آن روز را زير و رو كرده و انديشه و نظامي نوين برقرار نموده از ميان مردم مي رود بهترين شرايط براي حركت ارتجاعي و ضد تكاملي پديد مي آيد، حال اگر در داخل امت و در بين سران آن نيز درگيري به وجود آيد روشن است كه امور آن جامعه هيچ گاه به سامان نخواهد رسيد و چه بسا نتايج همه حركت هاي قبلي نيز از دست برود. پس از رحلت پيامبر اكرم دقيقاً همين شرايط وجود داشت ، دشمنان خارجي همانند روم و ايران دندان تيز كرده بودند و منافقان و دشمنان داخلي نيز دنبال فرصتي مناسب بودند.
از آيات قرآن كريم : "وَمَا مُحَمَّدٌ إِلآ رَسُول ٌ قَدْ خَلَت ْ مِن قَبْلِه ِ الرُّسُل ُ أَفَإِيْن مَّات َ أَوْ قُتِل َ انقَلَبْتُم ْ عَلَي ََّ أَعْقَـَبِكُم ْ وَمَن يَنقَلِب ْ عَلَي َ عَقِبَيْه ِ فَلَن يَضُرَّ اللَّه َ شَيْ ?‹ًا وَسَيَجْزِي اللَّه ُ الشَّـَكِرِين َ ;(آل عمران ،144)
تلويحاً استفاده مي شود كه گروهي از مسلمانان زماني آرزوي بازگشت به عصر جاهلي داشتند لذا پس از خبر درگذشت پيامبر اكرم (ص) گروهي پرچم ارتداد و بازگشت را برافراشتند و با حكومت مركزي به مخالفت برخاستند.
افزون بر اين ها، گروه ديگري مانند مُسَيلمه ، سجاح ، طُلَيحه ادعاي نبوت دروغين كردند وعده اي را اطراف خود در اين شرايط برافراشتن پرچم جنگ نتيجه اي جز از بين رفتن حكومت و اساس اسلام را نداشت . امام در يكي از نامه هاي خود به مردم به اين نكته اشاره مي فرمايد:
"به خدا سوگند، من هرگز فكر نمي كردم كه عرب خلافت را از خاندان پيامبر(ص) بگيرد يا مرا از آن باز دارد. مرا به تعجب وانداشت جز توجه مردم به ديگري كه دست او را به عنوان بيعت مي فشردند; از اين رو، من دست نگاه داشتم . ديدم كه گروهي از مردم از اسلام بازگشته اند و مي خواهند آيين محمد(ص) را محو كنند. ترسيدم كه اگر به ياري اسلام و مسلمانان نشتابم رخنه و ويراني در پيكر آن مشاهده كنم كه مصيبت و اندوه آن بر من بالاتر و بزرگ تر از حكومت چند روزه اي است كه به زودي مانند سراب يا ابر از ميان مي رود. پس به مقابله با اين حوادث برخاستم و مسلمانان را ياري كردم تا آن كه باطل محو شد و آرامش به آغوش اسلام بازگشت .(نهج البلاغه عبده ، نامه 62 / ر.ك : فروع ولايت ، آيت اللّه سبحاني ، ص 145ـ177، مؤسسه تعليماتي و تحقيقاتي امام صادق 7.)